Die noch unter Breschnew verabschiedete Verfassung schränkte die Rechte des gewählten Präsidenten stark ein. Er versuchte, das Grundgesetz so schnell wie möglich zu ändern. Der Konflikt zwischen dem Präsidenten und dem Parlament wurde immer heftiger. Jelzin und seine Anhänger wollten liberalisieren und privatisieren. Das Parlament bremste aber, wo es nur konnte.
Als Jelzin den Konflikt mit den Abgeordneten satt hatte, erklärte er am 21. September 1993 im Erlass 1400, dass der Oberste Sowjet seine legislativen, administrativen und exekutiven Funktionen einstellen solle. Formell konnte Jelzin jedoch das Parlament gar nicht auflösen. Die Abgeordneten konterten mit einem Erlass, der Jelzin von seiner Präsidentschaft ablöste. Alexander Ruzkoi sollte daraufhin zum neuen Präsidenten ernannt werden. Er und der Vorsitzende des Obersten Sowjets, Ruslan Chasbulatow, führten den Widerstand gegen Jelzin an. Die darauffolgenden Ereignisse wurden zum blutigsten Konflikt seit der Oktoberrevolution 1917.
Die Miliz hat das Parlamentsgebäude über Nacht abgesperrt. Den Abgeordneten wurden Strom, Wasser und jegliche Verbindungen abgedreht. Am 3. Oktober führte die verwirrende Doppelherrschaft schließlich zu blutigen Ausschreitungen. Jelzins Kontrahenten versuchten, das Fernsehzentrum Ostankino zu stürmen, um sich den Zugriff zu den Staatssendern zu ermöglichen. Infolgedessen wurde einer der jungen Soldaten, Nikolai Sitnikow, tödlich verletzt. Am nächsten Tag ließ Jelzin das Parlament beschießen. Chasbulatow und Ruzkoi wurden verhaftet. Ironischerweise stand Jelzin als der Hoffnungsträger der russischen Demokratie 1993 – nur zwei Jahre zuvor – bereits selbst auf einem Panzer – auf der anderen Seite der Barrikaden.
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Während die Abgeordneten bei den Auseinandersetzungen weitgehend unversehrt blieben, führte ein Mangel an Koordination zu blutigen Zusammenstößen und Panik auf den Moskauer Straßen, als einfache Bürger und Schaulustige niedergeschossen wurden.
Zwei Monate später stimmten die Russen für die von Jelzin vorgeschlagene Verfassung. Diese verlieh dem Präsidenten fast alle Macht, während das Parlament sich mit einer Nebenrolle zufrieden geben musste.