Als dem KBA übergeordnetes Ministerium sollte die Aufklärung um den Dieselskandal und die eingebauten Betrugssoftwares durch deutsche Autobauer im Interesse des Verkehrsministeriums liegen. Doch die vom Handelsblatt ausgewerteten Dokumente legen den Verdacht nahe, dass das Ministerium noch unter Bundesverkehrsminister Alexander Dobrindt (CSU) alles daransetzte, die Konzerne vor weitreichreichendem finanziellem Schaden ihres eigenen Betrugs zu beschützen, statt auf Aufklärung zu drängen.
Insbesondere die Staatsanwaltschaft München II hat durch ihre Arbeit die Mauscheleien zwischen den Autobossen und Dobrindt aufgedeckt, wie das Handelsblatt am 30. Juni berichtete. Der Münchner Staatsanwalt Dominik Kieninger drängte im Verkehrsministerium auf eine bessere Zusammenarbeit zwischen ihm, dem KBA und den Autokonzernen und verlangte, dass das Verkehrsministerium sich bei Feststellung von Unregelmäßigkeiten an ihn wendet. Doch auf diese Forderung ging KBA-Präsident Ekhard Zinke offensichtlich nicht an, weshalb Kieninger den Druck erhöhte und schrieb:
Zum wiederholten Male sehe ich mich veranlasst, Sie darauf hinzuweisen, dass eine nur eingeschränkte Kooperation mit den Strafverfolgungsbehörden (…) den Straftatbestand der (mindestens versuchten) Strafvereitelung erfüllen kann.
Bei der Bundespressekonferenz (BPK) prallten kritische Nachfragen allerdings an einer Mauer des Schweigens ab. Die Sprecherin des Verkehrsministeriums versuchte den Eindruck zu erwecken, dass das Kraftfahrtbundesamt wunderbar mit der Staatsanwaltschaft zusammenarbeitet, und ging auf den Vorwurf aus München gar nicht ein. Auch die anderen Ministerien wollten sich dazu nicht äußern.