Laut der Organisation liegt dem breiten Spektrum der israelischen Politik ein organisierendes Prinzip zugrunde: "die Förderung und Aufrechterhaltung der Vorherrschaft einer Gruppe, der Juden, über eine andere, die Palästinenser", so B'Tselem in seinem Bericht.
B'Tselem erklärte, es lehne die vorherrschende Annahme ab, dass Israel zwei getrennte Herrschaftssysteme gleichzeitig betreibe – eine Demokratie innerhalb seines souveränen Territoriums, während es gleichzeitig seit einem halben Jahrhundert einen militärischen Griff über die Palästinenser in den besetzten Gebieten ausübe.
"Israel ist keine Demokratie, der eine vorübergehende Besatzung angehängt ist", sagte der Generaldirektor von B'Tselem, Hagai El-Ad. "Es ist ein Regime zwischen dem Jordan und dem Mittelmeer, und wir müssen das Gesamtbild betrachten und es als das sehen, was es ist: Apartheid." Eine andere israelische Menschenrechtsgruppierung, Yesh Din, hatte im vergangenen Jahr ein Rechtsgutachten veröffentlicht, das Israel im Zusammenhang mit dem Westjordanland ebenfalls Apartheid vorwarf.
Der Bericht von B'Tselem geht jedoch noch weiter und behauptet, Israel habe ein System über das gesamte Gebiet geschaffen, in dem jüdische Bürger volle Rechte haben. Die Palästinenser jedoch werden von der Organisation in vier Gruppen eingeteilt. Mit verschiedenen Ebenen von Rechten, je nachdem, wo sie leben, aber immer unterhalb der jüdischen Bevölkerung.
Am untersten Ende, so B'Tselem, stünden die etwa zwei Millionen Palästinenser im zutiefst verarmten Gazastreifen, der von der Hamas regiert wird. Über ihnen, so die Organisation, stünden die rund 2,7 Millionen palästinensischen "Untertanen" im Westjordanland, die in "Dutzenden von unzusammenhängenden Enklaven, unter rigider Militärherrschaft und ohne politische Rechte" lebten.
Unter den in den 1990er Jahren unterzeichneten Abkommen haben die Palästinenser im Westjordanland eine begrenzte Selbstverwaltung, obwohl die Palästinensische Autonomiebehörde laut B'Tselem "immer noch Israel untergeordnet ist und ihre begrenzten Befugnisse nur mit Israels Zustimmung ausüben kann".
Auf der nächst höchsten Stufe in der Hierarchie stünden die etwa 350.000 Palästinenser, die in Ostjerusalem lebten. Zwar habe Israel ihnen die Staatsbürgerschaft angeboten, doch viele hätten aus Prinzip abgelehnt. Diejenigen, die das Angebot annahmen, erlebten eine hohe Ablehnungsrate, so der Bericht weiter.
Auf der höchsten Stufe stehen laut B'Tselem die palästinensischen Bürger Israels, auch arabische Israelis genannt, die die volle Staatsbürgerschaft haben und etwa ein Fünftel der Israelis ausmachen. Dennoch sagt B'Tselem, dass auch sie unter den jüdischen Bürgern stünden, und verweist auf Landdiskriminierung, Einwanderungsgesetze, die Juden bevorzugen, und ein Gesetz, das jüdischen Menschen zusätzliche politische Rechte einräumt.
Im Jahr 2017 sprach die UN-Wirtschafts- und Sozialkommission für Westasien in einem Bericht als erstes UN-Gremium von Apartheid im Zusammenhang mit Israel. Der Bericht kam zu dem Schluss: "Israel hat ein Apartheid-Regime errichtet, das das palästinensische Volk als Ganzes beherrscht." Im vergangenen Jahr warnten fast 50 unabhängige Experten des UN-Menschenrechtsrates Israel davor, seine Annexionspläne im Westjordanland umzusetzen.
Wenn die Pläne umgesetzt würden, sei das ein schwerer Verstoß gegen die Charta der Vereinten Nationen und die Genfer Konventionen. "Das ist eine Vision einer Apartheid des 21. Jahrhunderts", schrieben die Experten. Israels Regierungschef Benjamin Netanjahu hat seine Annexionspläne vorübergehend ausgesetzt. Mehrere israelische und palästinensische Rechtsgruppen, darunter B'Tselem, argumentieren jedoch, dass Israel bereits eine "De-facto-Annexion" des Westjordanlandes durchsetze, mit mehr als 400.000 jüdischen Siedlern, die dort leben.
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